Seri başı olarak katılacak 8 takım birbiriyle eşleşmeyecek, gruplarda 2’nci sırayı alan diğer 8 takım ise seri başı takımlarla eşleşecek. Son 16 takımın eşleşmesiyle oynanacak olan karşılaşmalar deplasmanlı çift maç eleme sistemine göre oynanacak.
Karşılaşmalar sonrası galip gelecek olan takımlar statüde belirtilen şablona göre çeyrek final eşleşmelerini yapacak. U15 Ligi son 16 1. maçları 15-16 Nisan 2017 tarihlerinde ve 2. maçlar ise 22-23 Nisan 2017 tarihlerinde oynanacak.